Weg met harde schijven: in de toekomst bewaren we informatie in DNA
, door
Sargasso is een laagdrempelig platform waarop mensen kunnen publiceren, reageren en discussiëren, vanuit de overtuiging dat bloggers en lezers elkaar aanvullen en versterken. Sargasso heeft een progressieve signatuur, maar is niet dogmatisch. We zijn onbeschaamd intellectueel en kosmopolitisch, maar tegelijkertijd hopeloos genuanceerd. Dat betekent dat we de wereld vanuit een bepaald perspectief bezien, maar openstaan voor andere zienswijzen.
In de rijke historie van Sargasso – een van de oudste blogs van Nederland – vind je onder meer de introductie van het liveblog in Nederland, het munten van de term reaguurder, het op de kaart zetten van datajournalistiek, de strijd voor meer transparantie in het openbaar bestuur (getuige de vele Wob-procedures die Sargasso gevoerd heeft) en de jaarlijkse uitreiking van de Gouden Hockeystick voor de klimaatontkenner van het jaar.
Foto:
Micah Baldwin (cc)
Nut van het genenpaspoort
, door
VERSLAG - Wetenschappers kunnen steeds beter het menselijk DNA lezen. Zo goed, dat het mogelijk is een genenpaspoort van ieder individu op te stellen. Maar wat voor nut dient dat?
DNA, desoxyribonucleïnezuur, is de taal waarin al het leven is geschreven. Een taal die wetenschappers al lang proberen te begrijpen. We zijn inmiddels een heel eind. Konden onderzoekers in 1990 drieduizend basenparen per dag aflezen, inmiddels is dat aantal gegroeid tot 500 miljard. Het apparaat waarmee DNA wordt gesequenced, de term voor het aflezen van DNA, is gekrompen tot de grootte van een telefoonchip.
Elk mens heeft iets meer dan drie miljard basenparen, die samen bepalen welke eigenschappen we hebben. Voor het grootste gedeelte zijn die paren bij mensen hetzelfde. Van de drie miljard zijn er twee tot vijf miljoen verschillen. Deze verschillen bepalen wie je bent. Je haar- en oogkleur, maar ook je aanleg voor bepaalde ziektes zijn eruit af te lezen. Er zijn bedrijven die gentests aanbieden tegen betaling. Zij lezen jouw DNA af uit wat spuug en sturen je dan een zogenaamd ‘genenpaspoort’ toe. Daarin kun je zien of jij meer of minder kans op bepaalde ziektes hebt dan het gemiddelde. Nuttig? Dat is de vraag.
Foto:
Mark Cummins (cc)
‘Junk’ DNA heeft wel functie
, door
NIEUWS - Het menselijke genoom is sinds 2003 volledig bekend, maar beslaat maar een klein deel van ons DNA. De rest van ons DNA werd jarenlang weggezet als ‘junk DNA’, omdat niemand wist wat de functie ervan precies was. Maar wetenschappers krijgen steeds meer inzicht in de werking van dit ‘overbodige’ DNA.
Jarenlang werden de stukken DNA tussen onze genen letterlijk weggezet als afval – junk DNA. Deze term werd in 1972 door de Japanse wetenschapper Ohno geopperd; hij voorspelde dat er een bovengrens was aan het aantal genen in zoogdieren (30.000) en dat de rest van het DNA niks doet. Hij bleek met zijn voorspelling niet ver naast het correcte aantal te zitten.
Maar uit een grote publicatie begin september van dertig artikelen met veel nieuwe informatie over ons genoom, blijkt dat ons junk DNA niet zonder nut is, maar een zeer grote regulerende rol heeft over onze genen. Het lijkt erop dat we nu zelfs meer variatie hebben in deze regulerende DNA-elementen dan in onze genen. Verschillen tussen individuen kunnen we nu waarschijnlijk ook beter verklaren.
Human Genome Project
Na voltooiing van het Human Genome Project in 2003 bleek de mens twintig- tot vijfentwintigduizend genen te bezitten; slechts het dubbele van een ‘simpel’ organisme als de fruitvlieg. Genen worden gebruikt om alle eiwitten in ons lichaam te produceren (en noemen we daarom protein-coding DNA). Maar genen beslaan slechts 2% van ons genoom. Het overige non-coding DNA (en dus niet junk DNA), leidt niet tot de vorming van eiwitten. Er heerste veel onbegrip over de functie van non-coding DNA. Wetenschappers begrepen maar niet waarom, na een evolutionair proces van miljarden jaren, er zoveel onnuttige informatie in ons DNA zou zitten.
De redactie van Sargasso bestaat uit een club vrijwilligers. Naast zelf artikelen schrijven struinen we het internet af om interessante artikelen en nieuwswaardige inhoud met lezers te delen. We onderhouden zelf de site en houden als moderator een oogje op de discussies. Je kunt op Sargasso terecht voor artikelen over privacy, klimaat, biodiversiteit, duurzaamheid, politiek, buitenland, religie, economie, wetenschap en het leven van alle dag.
Om Sargasso in stand te houden hebben we wel wat geld nodig. Zodat we de site in de lucht kunnen houden, we af en toe kunnen vergaderen (en borrelen) en om nieuwe dingen te kunnen proberen.
Concept wetsvoorstel Justitie: dna ziekenhuizen gebruiken
, door
Foto:
copyright ok. Gecheckt 06-11-2022
Platwormen
, door
Een nieuwe column van Mohammed Benzakour. Die is ook in VolZin verschenen.
Schaduwrijke tuinen met bomen vol zoete vruchten. Rivieren met wijn. Wijn waaraan je je eindeloos kunt laven zonder dronken te worden. Rondvliegende gebraden duiven gevuld met pistache. Dorst bestaat niet. Honger bestaat niet. Evenmin uitscheiding. Doezelen op zijdezachte sofa’s. Elke dag nieuwe kleren. Elke dag stralend weer. Elke nacht omringd door beeldschone maagden en parelachtige jongelingen.
Dit ongeveer is het Hof van Eden dat moslims wordt voorgespiegeld. Als ze maar hun best doen. Als u het mij vraagt: een regelrechte hel. Je leven lang braadduif nassen in ‘n aangeharkte bloementuin is een taakstraf van groot formaat. Ik wil door sneeuwheuvels ploeteren, dorre woestijnen, schorpioenen vangen, zilverruggen bespieden in jungles, woeste zeeën bevaren. Aan nieuw schoeisel heb ik een grafhekel, het lekkerst zitten afgedragen mocassins. Ik zet het liefst m’n tanden in ‘n zure granny smith en na een diner (geen duiven aub) verkies ik Grand Marnier ver boven wijn. En als ik dan toch stevig aan de fles ga, stel ik enige roes toch zeer op prijs. Erna wil uitgebreid kunnen pissen en poepen. En, misschien verbaast het u, ik ben niet zo dol op maagden. Al die bloederige lakens, getver. De beste seks geniet je met ’n midtwintiger die van toeten en blazen weet.
Nee, dat eeuwige paradijsbestaan is niet erg aan mij besteed. Een dagje, desnoods een weekje, oké, kan aardig zijn, maar eindeloos om m’n oren vliegende braadduiven, non merci, laat ze iemand anders lastig vallen.
Foto:
copyright ok. Gecheckt 15-11-2022
Greet en Mien veroveren de DNA-markt
, door
Er was paniek op de beursvloer, afgelopen vrijdag. Oxford Nanopore Technologies presenteerde GridIon – een revolutionair apparaat dat supersnel DNA afleest. Als GridIon daadwerkelijk doet wat ‘Oxford’ belooft – DNA aflezen in enkele minuten – kunnen andere bedrijven op de DNA-markt wel inpakken. En dus daalden de koersen van Life Technologies, Illumina, Pacific Biosciences en Complete Genomics met drie tot zes procent.
‘Oxford’ doet het anders dan alle andere, dat aflezen. De meeste gangbare ‘next-generation’ technologieën maken gebruik van fluorescente labels voor het detecteren van individuele basen (A, C, T of G). Dat kost tijd, want de labels moeten aan de basen geplakt worden, en bovendien moeten de labels voldoende licht afgeven om gedetecteerd te kunnen worden. Dat vereist vermenigvuldiging van het DNA, en ook dat kost tijd. Niet bij Oxford Nanopore. Het bedrijf combineert nanotechnologie met de elektrische eigenschappen van DNA, en doet daarmee een serieuze greep naar de macht in DNA-aflees-land. De basis van het systeem wordt gevormd door zogenaamde ‘nanobuisjes’ met een doorsnede van ongeveer 1,5 nm, waarover een constante stroom loopt. Een speciaal gefabriceerd enzym ‘trekt’ het af te lezen DNA-molecuul door het buisje. Iedere base die door het buisje glijdt, blokkeert de stroom die erover loopt. De grootte van de weerstand hangt af van de elektrische eigenschappen van het molecuul dat het nanobuisje passeert, en die zijn uniek voor iedere individuele DNA-base. Op die manier representeert een patroon van voltageveranderingen de volgorde van gepasseerde basen.
Op een vroege zomerochtend loopt de negentienjarige Simone naakt weg van haar vaders boerderij. Ze overtuigt een passerende automobiliste ervan om haar mee te nemen naar een afgelegen vakantiehuis in het zuiden van Frankrijk. Daar ontwikkelt zich een fragiele verstandhouding tussen de twee vrouwen.
Wat een fijne roman is Venus in het gras! Nog nooit kon ik zoveel scènes tijdens het lezen bijna ruiken: de Franse tuin vol kruiden, de schapen in de stal, het versgemaaide gras. – Ionica Smeets, voorzitter Libris Literatuurprijs 2020.
DNA als harde schijf: 700 terabytes per gram
, door
Foto:
copyright ok. Gecheckt 12-10-2022
Gestreept, gevlekt of geribbeld
, door
Ongeveer zestig jaar geleden formuleerde Alan Turing, beroemd om zijn Turingmachine en het ontcijferen van de Enigma, een wiskundige theorie die verklaarde hoe patronen als strepen en vlekken ontstaan op de vacht van dieren. Turing stelde dat het een subtiel samenspel moest zijn tussen twee stoffen die de pigmentvorming beïnvloeden. Onder die aanname kon hij met behulp van wiskundige vergelijkingen precies aantonen hoe de karakteristieke patronen ontstonden bij giraffen, tijgers, zebra’s en allerlei andere dieren. Turings artikel werd alom geprezen, en is al veelvuldig geciteerd. Pas onlangs toonden onderzoekers bij muizen het bestaan van de twee stoffen aan.
De onderzoekers van het King’s College in Londen publiceren binnenkort in Nature Genomics over hun vondst. Ze bestudeerden de vorming van ribbels in het gehemelte van een muis. Het patroon dat hieraan ten grondslag ligt, ontstaat door het samenspel van FGF (Fibroblast Growth Factor) en Shh (Sonic Hedgehog). Een van deze stoffen stimuleert de aanmaak van zowel FGF als Shh, en is daarmee een activator. De andere stof remt de aanmaak van beide stoffen remt: het is een inhibitor.
De theorie die Turing in de jaren ’50 van de vorige eeuw formuleerde verklaarde hoe patronen konden ontstaan, uitgaande van stoffen met zo’n remmende en stimulerende werking. Dat patroon kan zich vervolgens uiten als strepen of vlekken op van de vacht van een dier, maar ook ribbels in het gehemelte van een muis. In alle gevallen gaat het om een patroon dat zich geleidelijk ontwikkelt. Turing argumenteerde dat de inhibitor en de activator bij een embryo in het begin nog gelijkmatig verdeeld waren, waardoor er nog geen kleur- of ribbelpatroon zichtbaar was. De beide stoffen waren dan precies in balans. Wanneer echter door een kleine verstoring op een bepaalde plek een overschot zou ontstaan van de activator, dan zou dit als een sneeuwbaleffect leiden tot de bekende patronen.
Geen bewijs voor op arseen gebaseerd leven
, door
Tot het eind van de Koude Oorlog heeft de BVD de CPN in de gaten gehouden. Maar de dienst deed veel meer dan spioneren. Op basis van nieuw archiefmateriaal van de AIVD laat dit boek zien hoe de geheime dienst in de jaren vijftig en zestig het communisme in Nederland probeerde te ondermijnen. De BVD zette tot tweemaal toe personeel en financiële middelen in voor een concurrerende communistische partij. BVD-agenten hielpen actief mee met geld inzamelen voor de verkiezingscampagne. De regering liet deze operaties oogluikend toe. Het parlement wist van niets.
Sargasso heeft privacy hoog in het vaandel staan. Nu we allemaal meer dingen online doen is een goede VPN-service belangrijk om je privacy te beschermen. Volgens techsite CNET is NordVPN de meest betrouwbare en veilige VPN-service. De app is makkelijk in gebruik en je kunt tot zes verbindingen tegelijk tot stand brengen. NordVPN kwam bij een speedtest als pijlsnel uit de bus en is dus ook geschikt als je wil gamen, Netflixen of downloaden.