Concept wetsvoorstel Justitie: dna ziekenhuizen gebruiken
, door
Sargasso heeft privacy hoog in het vaandel staan. Nu we allemaal meer dingen online doen is een goede VPN-service belangrijk om je privacy te beschermen. Volgens techsite CNET is NordVPN de meest betrouwbare en veilige VPN-service. De app is makkelijk in gebruik en je kunt tot zes verbindingen tegelijk tot stand brengen. NordVPN kwam bij een speedtest als pijlsnel uit de bus en is dus ook geschikt als je wil gamen, Netflixen of downloaden.
Foto:
Mark Cummins (cc)
‘Junk’ DNA heeft wel functie
, door
NIEUWS - Het menselijke genoom is sinds 2003 volledig bekend, maar beslaat maar een klein deel van ons DNA. De rest van ons DNA werd jarenlang weggezet als ‘junk DNA’, omdat niemand wist wat de functie ervan precies was. Maar wetenschappers krijgen steeds meer inzicht in de werking van dit ‘overbodige’ DNA.
Jarenlang werden de stukken DNA tussen onze genen letterlijk weggezet als afval – junk DNA. Deze term werd in 1972 door de Japanse wetenschapper Ohno geopperd; hij voorspelde dat er een bovengrens was aan het aantal genen in zoogdieren (30.000) en dat de rest van het DNA niks doet. Hij bleek met zijn voorspelling niet ver naast het correcte aantal te zitten.
Maar uit een grote publicatie begin september van dertig artikelen met veel nieuwe informatie over ons genoom, blijkt dat ons junk DNA niet zonder nut is, maar een zeer grote regulerende rol heeft over onze genen. Het lijkt erop dat we nu zelfs meer variatie hebben in deze regulerende DNA-elementen dan in onze genen. Verschillen tussen individuen kunnen we nu waarschijnlijk ook beter verklaren.
Human Genome Project
Na voltooiing van het Human Genome Project in 2003 bleek de mens twintig- tot vijfentwintigduizend genen te bezitten; slechts het dubbele van een ‘simpel’ organisme als de fruitvlieg. Genen worden gebruikt om alle eiwitten in ons lichaam te produceren (en noemen we daarom protein-coding DNA). Maar genen beslaan slechts 2% van ons genoom. Het overige non-coding DNA (en dus niet junk DNA), leidt niet tot de vorming van eiwitten. Er heerste veel onbegrip over de functie van non-coding DNA. Wetenschappers begrepen maar niet waarom, na een evolutionair proces van miljarden jaren, er zoveel onnuttige informatie in ons DNA zou zitten.
Foto:
copyright ok. Gecheckt 06-11-2022
Platwormen
, door
Een nieuwe column van Mohammed Benzakour. Die is ook in VolZin verschenen.
Schaduwrijke tuinen met bomen vol zoete vruchten. Rivieren met wijn. Wijn waaraan je je eindeloos kunt laven zonder dronken te worden. Rondvliegende gebraden duiven gevuld met pistache. Dorst bestaat niet. Honger bestaat niet. Evenmin uitscheiding. Doezelen op zijdezachte sofa’s. Elke dag nieuwe kleren. Elke dag stralend weer. Elke nacht omringd door beeldschone maagden en parelachtige jongelingen.
Dit ongeveer is het Hof van Eden dat moslims wordt voorgespiegeld. Als ze maar hun best doen. Als u het mij vraagt: een regelrechte hel. Je leven lang braadduif nassen in ‘n aangeharkte bloementuin is een taakstraf van groot formaat. Ik wil door sneeuwheuvels ploeteren, dorre woestijnen, schorpioenen vangen, zilverruggen bespieden in jungles, woeste zeeën bevaren. Aan nieuw schoeisel heb ik een grafhekel, het lekkerst zitten afgedragen mocassins. Ik zet het liefst m’n tanden in ‘n zure granny smith en na een diner (geen duiven aub) verkies ik Grand Marnier ver boven wijn. En als ik dan toch stevig aan de fles ga, stel ik enige roes toch zeer op prijs. Erna wil uitgebreid kunnen pissen en poepen. En, misschien verbaast het u, ik ben niet zo dol op maagden. Al die bloederige lakens, getver. De beste seks geniet je met ’n midtwintiger die van toeten en blazen weet.
Nee, dat eeuwige paradijsbestaan is niet erg aan mij besteed. Een dagje, desnoods een weekje, oké, kan aardig zijn, maar eindeloos om m’n oren vliegende braadduiven, non merci, laat ze iemand anders lastig vallen.
Sargasso is een laagdrempelig platform waarop mensen kunnen publiceren, reageren en discussiëren, vanuit de overtuiging dat bloggers en lezers elkaar aanvullen en versterken. Sargasso heeft een progressieve signatuur, maar is niet dogmatisch. We zijn onbeschaamd intellectueel en kosmopolitisch, maar tegelijkertijd hopeloos genuanceerd. Dat betekent dat we de wereld vanuit een bepaald perspectief bezien, maar openstaan voor andere zienswijzen.
In de rijke historie van Sargasso – een van de oudste blogs van Nederland – vind je onder meer de introductie van het liveblog in Nederland, het munten van de term reaguurder, het op de kaart zetten van datajournalistiek, de strijd voor meer transparantie in het openbaar bestuur (getuige de vele Wob-procedures die Sargasso gevoerd heeft) en de jaarlijkse uitreiking van de Gouden Hockeystick voor de klimaatontkenner van het jaar.
DNA als harde schijf: 700 terabytes per gram
, door
Foto:
copyright ok. Gecheckt 15-11-2022
Greet en Mien veroveren de DNA-markt
, door
Er was paniek op de beursvloer, afgelopen vrijdag. Oxford Nanopore Technologies presenteerde GridIon – een revolutionair apparaat dat supersnel DNA afleest. Als GridIon daadwerkelijk doet wat ‘Oxford’ belooft – DNA aflezen in enkele minuten – kunnen andere bedrijven op de DNA-markt wel inpakken. En dus daalden de koersen van Life Technologies, Illumina, Pacific Biosciences en Complete Genomics met drie tot zes procent.
‘Oxford’ doet het anders dan alle andere, dat aflezen. De meeste gangbare ‘next-generation’ technologieën maken gebruik van fluorescente labels voor het detecteren van individuele basen (A, C, T of G). Dat kost tijd, want de labels moeten aan de basen geplakt worden, en bovendien moeten de labels voldoende licht afgeven om gedetecteerd te kunnen worden. Dat vereist vermenigvuldiging van het DNA, en ook dat kost tijd. Niet bij Oxford Nanopore. Het bedrijf combineert nanotechnologie met de elektrische eigenschappen van DNA, en doet daarmee een serieuze greep naar de macht in DNA-aflees-land. De basis van het systeem wordt gevormd door zogenaamde ‘nanobuisjes’ met een doorsnede van ongeveer 1,5 nm, waarover een constante stroom loopt. Een speciaal gefabriceerd enzym ‘trekt’ het af te lezen DNA-molecuul door het buisje. Iedere base die door het buisje glijdt, blokkeert de stroom die erover loopt. De grootte van de weerstand hangt af van de elektrische eigenschappen van het molecuul dat het nanobuisje passeert, en die zijn uniek voor iedere individuele DNA-base. Op die manier representeert een patroon van voltageveranderingen de volgorde van gepasseerde basen.
Foto:
copyright ok. Gecheckt 12-10-2022
Gestreept, gevlekt of geribbeld
, door
Ongeveer zestig jaar geleden formuleerde Alan Turing, beroemd om zijn Turingmachine en het ontcijferen van de Enigma, een wiskundige theorie die verklaarde hoe patronen als strepen en vlekken ontstaan op de vacht van dieren. Turing stelde dat het een subtiel samenspel moest zijn tussen twee stoffen die de pigmentvorming beïnvloeden. Onder die aanname kon hij met behulp van wiskundige vergelijkingen precies aantonen hoe de karakteristieke patronen ontstonden bij giraffen, tijgers, zebra’s en allerlei andere dieren. Turings artikel werd alom geprezen, en is al veelvuldig geciteerd. Pas onlangs toonden onderzoekers bij muizen het bestaan van de twee stoffen aan.
De onderzoekers van het King’s College in Londen publiceren binnenkort in Nature Genomics over hun vondst. Ze bestudeerden de vorming van ribbels in het gehemelte van een muis. Het patroon dat hieraan ten grondslag ligt, ontstaat door het samenspel van FGF (Fibroblast Growth Factor) en Shh (Sonic Hedgehog). Een van deze stoffen stimuleert de aanmaak van zowel FGF als Shh, en is daarmee een activator. De andere stof remt de aanmaak van beide stoffen remt: het is een inhibitor.
De theorie die Turing in de jaren ’50 van de vorige eeuw formuleerde verklaarde hoe patronen konden ontstaan, uitgaande van stoffen met zo’n remmende en stimulerende werking. Dat patroon kan zich vervolgens uiten als strepen of vlekken op van de vacht van een dier, maar ook ribbels in het gehemelte van een muis. In alle gevallen gaat het om een patroon dat zich geleidelijk ontwikkelt. Turing argumenteerde dat de inhibitor en de activator bij een embryo in het begin nog gelijkmatig verdeeld waren, waardoor er nog geen kleur- of ribbelpatroon zichtbaar was. De beide stoffen waren dan precies in balans. Wanneer echter door een kleine verstoring op een bepaalde plek een overschot zou ontstaan van de activator, dan zou dit als een sneeuwbaleffect leiden tot de bekende patronen.
Bedrieglijk echt gaat over papyrologie en dan vooral over de wedloop tussen wetenschappers en vervalsers. De aanleiding tot het schrijven van het boekje is het Evangelie van de Vrouw van Jezus, dat opdook in het najaar van 2012 en waarvan al na drie weken vaststond dat het een vervalsing was. Ik heb toen aangegeven dat het vreemd was dat de onderzoekster, toen eenmaal duidelijk was dat deze tekst met geen mogelijkheid antiek kon zijn, beweerde dat het lab uitsluitsel kon geven.
Geen bewijs voor op arseen gebaseerd leven
, door
Foto:
Sargasso achtergrond wereldbol
Gezondheidszorg op maat schuurt met privacy
, door
Het ontrafelen van het menselijk genoom gaat verregaande gevolgen hebben voor de gezondheidszorg en onze privacy, betoogt ethicus Niels Nijsingh in deze nieuwe aflevering van Intieme Technologie.
“De privacy van de 20e eeuw is niet privacy van de 21e eeuw”, zo vertrouwde een klinisch geneticus mij recent toe. Hij maakte deze opmerking in een gesprek over de toegenomen mogelijkheden wat betreft het in kaart brengen en analyseren van de drie miljard basenparen die het menselijk genoom vormen. Toen James Watson in 2002 zijn genoom liet sequencen en analyseren, kostte dit miljoenen dollars. Inmiddels is de prijs rap aan het dalen en is de grens van duizend dollar in zicht. Door de afnemende kosten en de toenemende mogelijkheden van interpretatie openen zich perspectieven op een andere benadering van geneeskunde: personalised medicine, ‘gezondheidszorg op maat’. Kennis over het genoom stelt ons in staat om naar aanleiding van het individuele risico-profiel te anticiperen op de ontwikkeling van aandoeningen en om te interveniëren op een manier die het beste werkt voor een specifiek individu. De doelen zijn bepaald ambitieus: er wordt ingezet op niet minder dan het bewerkstelligen van een ‘revolutie’. Deze revolutie zou een effectieve bestrijding van onder meer kanker, diabetes, hart- en vaatziekten mogelijk maken, terwijl op de kosten bespaard kan worden. De verwezenlijking van geneeskunde op maat wordt door Margaret Hamburg & Francis Collins vergeleken met de aanleg van snelwegen in het begin van de vorige eeuw. Snelwegen structureren volgens hen de logistieke infrastructuur analoog aan de manier waarop toepassing in de genetica de medische praktijk structureren. Het gebruik van het netwerk van wegen werd alleen begrensd door standaarden voor veiligheid, het gebruik -dat wil zeggen welke bestemming men kiest- wordt overgelaten aan de individuele gebruiker. Het is nu, aldus Hamburg en Collins, aan de artsen en patiënten om te navigeren langs de ‘wegen’ en de infrastructuur die neergelegd worden om gezondheidszorg op maat mogelijk te maken, binnen de daarvoor opgestelde kaders.
Foto:
copyright ok. Gecheckt 09-02-2022
KSTn | Registratie etniciteit
, door
Registratie van etniciteit in het kader van gezondheidszorg schijnt al te kunnen. Maar nu komen er een twee kamerstukken voorin de deur hiervoor wagenwijd open gezet wordt. Is dat wel verstandig?
In een brief van het Centrum voor Ethiek en Gezondheid (CEG) legt men uit dat het registreren van etniciteit in een patientendossier zowel ethisch alsmede wetenschappelijk alsmede rechtstatelijk mag en in gevallen wenselijk is. De minister neemt dat vrolijk over en ziet er ook nog eens een bevestiging in van een eerdere uitspraak in het voorjaar dat registratie van etniciteit allemaal prima geregeld is en dat er niets hoeft te veranderen. De overheid waakt immers goed over de gegevens.
Citaat uit brief:
“Het advies doet mij concluderen dat de overheid op dit moment noch nieuw beleid, noch nieuwe regelgeving hoeft te formuleren in verband met het op het
terrein van de zorg kunnen verwerven en gebruiken van gegevens over etnische herkomst en daarmee verband houdende genetische aanleg voor ziekten of aandoeningen.”
Het is dus wederom een gesloten discussie binnen een enkel domein met de veronderstelling dat opslag altijd veilig gemaakt kan worden die tot deze verdere verschuiving m.b.t. gebrek aan privacy leidt.
Als er nou iets de afgelopen maanden duidelijk is geworden, is het toch wel dat dat overheid zo lek als een mandje is.
Maar minstens net zo belangrijk is vergaande kortzichtigheid te denken dat als je iets alleen maar om gezondheidsredenen opslaat dit nergens anders ooit voor gebruikt (misbruikt) zal worden. Hoe naïef kan je zijn.
Op een vroege zomerochtend loopt de negentienjarige Simone naakt weg van haar vaders boerderij. Ze overtuigt een passerende automobiliste ervan om haar mee te nemen naar een afgelegen vakantiehuis in het zuiden van Frankrijk. Daar ontwikkelt zich een fragiele verstandhouding tussen de twee vrouwen.
Wat een fijne roman is Venus in het gras! Nog nooit kon ik zoveel scènes tijdens het lezen bijna ruiken: de Franse tuin vol kruiden, de schapen in de stal, het versgemaaide gras. – Ionica Smeets, voorzitter Libris Literatuurprijs 2020.
Dat kan! Sargasso is een collectief van bloggers en we verwelkomen graag nieuw blogtalent. We plaatsen ook regelmatig gastbijdragen. Lees hier meer over bloggen voor Sargasso of over het inzenden van een gastbijdrage.