Femke Halsema zeilde tegen de maatschappelijke wind: tegen het rechtse populisme dat de Nederlandse politiek steeds sterker kenmerkte, stelde zij een vrijzinnig, links-liberaal, ideaal. Maar ook binnen haar eigen partij, GroenLinks, moest Halsema zich soms staande houden tegen een zware tegenstroom.
De grootste weerstand ontstond door de praktische voorstellen voor vrijzinnige sociaal-economische politiek die Halsema samen met Ineke van Gent in 2005 schreef onder de titel “Vrijheid Eerlijk Delen”. Henk van der Kolk, voorzitter van FNV-Bondgenoten en tot 2005 lid van GroenLinks, stelde dat Halsema in haar analyse van de arbeidsmarkt “regelrecht in sommige valkuilen stapt[e] die de neoklassieke ideologen hebben gegraven.” In zijn ogen schoof Halsema onterecht “zo’n beetje alles wat er mis gaat” op sociaal-economisch terrein “op het bordje van de vakbeweging.” Leo Platvoet, op dat moment nog senator voor GroenLinks, miste in de voorstellen fundamentele kritiek op de economische verhoudingen en voorstellen om de grote bedrijven te vermaatschappelijken: “de economische machten moet je durven aan te vallen.”
Nadat Halsema in 2007 voor de vierde keer verkiezingen had verloren en de boot had afgehouden tijdens de formatiegesprekken zwelde de kritiek aan. Joost Lagendijk, Europees Parlementariër voor GroenLinks begreep niet waarom GroenLinks “onder tafel” was gedoken “toen de macht langskwam.” Om die reden koos oud-partijleider Ina Brouwer voor een dubbellidmaatschap van GroenLinks en de PvdA. Na de verkiezingsnederlaag richtte de kritiek zich op de politieke stijl van Halsema. Het verwonderde Diana de Wolff, op dat moment fractievoorzitter van GroenLinks in de Eerste Kamer, dat Halsema had “kennelijk haar politieke leiderschap” had willen tonen “door vanuit splendid isolation met een nieuwe koers te komen.” Het gebrek aan debat binnen de partij was ook anderen een doorn in het oog, Frank Kohler, voormalig wethouder voor GroenLinks in Amsterdam: “GroenLinks lijdt aan een soort leiderschapscultus (…). Wie de baas is, wordt toegejuicht.” Sommigen twijfelden er openlijk aan of Halsema nog wel op haar plaats was, Jos van der Lans: “Ik ben niet zo zeker dat Femke Halsema nu op de plek zit waar ze het liefst wil zitten. Femke kan iets moois bedenken, kan nadenken en analyseren, maar daar zit de politiek niet op te wachten. Dan ben je al snel dat betweterige meisje dat heel vaak bij de interruptiemicrofoons is te vinden.”